Idee uue ralli korraldamiseks sündis üle 11 aasta tagasi, mil Silver Kütt, kes on ühtlasi osalenud seitsmel WRC rallil kaardilugejana, esitas idee oma heale sõbrale, endisele WRC sõitjale Urmo Aavale. Pärast idee jagamist ''turundusgeenius'' Tarmo Hõbega, kes andis uuele rallile nimeks ''Rally Estonia'', tehti juba esimesed sammud.
Idee, mis esmakordselt tundus uskumatu juba 2009. aastal, on aasta-aastalt kasvanud ning tänaseks on Rally Estonia'st saanud FIA autoralli maailmameistrivõistluste etapp. Esimene Rally Estonia toimus 2010. aastal ja ralli esimene võitja oli kohalik kangelane Markko Märtin, kes on oma WRC karjääri jooksul võitnud koguni viis MM-rallit. Ürituse esimene kahekordne meister oli Portugali WRC ralli 2012. aasta võitja Mads Østberg, kes oli Rally Estonia kiireim sõitja aastatel 2011 ja 2012.
Kõrge konkurentsitase Märtini, Østbergi ja Latvala pere abi ning panusega tõstis korraldajate jaoks lati väga kõrgele. Aastatel 2014 kuni 2016 oli Rally Estonia osa Euroopa autoralli meistrivõistlustest (ERC) ja 2014. aastal hääletati see koguni aasta parimaks ERC ralliks.
Lisaks kohalikele staaridele on Rally Estonia aastate jooksul tervitanud paljusid maailma tippsõitjaid, näiteks WRC sõitjaid Thierry Neuville, Esapekka Lappi, Jari-Matti Latvala, Teemu Suninen, Craig Breen, Hayden Paddon, Yazeed Al-Rajhi, Martin Prokop, Toni Gardemeister ja ERC meistrid Aleksei Lukyanuk ja Kajetan Kajetanowicz ning noor tõusev rallitäht Oliver Solberg, kes võitis eelmisel aastal R5 klassi.
Aastatel 2018 kuni 2020 domineerisid võistlust meie kohalikud kangelased ja 2019 autoralli maailmameistrid Ott Tänak ja Martin Järveoja, kuid 2021. sai ajaloolise võidu Kalle Rovanperä, kes tituleeriti läbi aegade noorimaks WRC ralli võitjaks.